Il-Ko-Immunopreċipitazzjoni (Co-IP) huwa metodu klassiku għall-istudju tal-interazzjonijiet tal-proteini bbażati fuq l-interazzjoni speċifika bejn l-antikorpi u l-antiġeni, bħal esperimenti IP. Il-prinċipju huwa li meta ċ-ċelloli jiġu lisati taħt kundizzjonijiet mhux denaturanti, il-proteini preżenti fil-ġisem jużaw l-affinità bejn l-antikorpi u l-antiġeni biex iżommu l-proteini li jinteraġixxu. Peress li l-Co-IP titwettaq taħt kundizzjonijiet sperimentali mhux denaturanti, l-interazzjoni naturali bejn il-proteini tinżamm fl-akbar limitu, għalhekk l-interazzjoni bejn il-proteini ta 'reazzjoni reali tista' titqabbel, iżda ma jistax jiġi determinat jekk din l-interazzjoni hijiex diretta jew indiretta.
L-esperiment tal-irbit tal-proteini in vitro, magħruf ukoll bħala l-esperiment pull-down, huwa teknika effettiva tat-test in vitro għall-validazzjoni tas-sistema b'żewġ ibridi tal-ħmira. Fl-esperiment pull-down, il-metodu pull-down tal-proteina tal-fużjoni tal-glutathione sulfhydryl transferase (GST) spiss jintuża biex jidentifika proteini mhux magħrufa li jistgħu jinteraġixxu ma 'proteini ta' fużjoni magħrufa, u biex jidentifika jekk hemmx interazzjoni bejn żewġ proteini magħrufa. Madankollu, ir-riżultati tal-pull-down ma jistgħux verament jirriflettu l-interazzjoni bejn il-proteini, minħabba li jistgħu mhux neċessarjament jiltaqgħu ma 'xulxin fl-ispazju subċellulari in vivo, għalhekk ma jfissirx li għandhom jorbtu taħt kundizzjonijiet fiżjoloġiċi.
Il-prinċipji ta 'pull-down u Co-IP huma simili, it-tnejn jużaw ligandi ta' affinità biex jaqbdu proteini li jinteraġixxu. Id-differenza hija li pull-down juża proteina purifikata u mmarkata bħala lixka biex torbot ma 'proteini li jinteraġixxu, li ġeneralment tintuża biex tipprova interazzjonijiet diretti bejn il-proteini; filwaqt li Co-IP juża antikorpi fissi biex jaqbad proteini li jinteraġixxu, li jintuża biex jipprova l-interazzjoni bejn żewġ proteini, iżda ma jeskludix interazzjonijiet indiretti medjati minn terza proteina.